Государственный природный заповедник "Джугджурский" был создан 10 сентября 1990 года постановлением СМ РСФСР № 355.

Заповедник находится на побережье Охотского моря, охватывая хребет Джугджур, являющийся водоразделом бассейнов Тихого и Северного Ледовитого океанов. Также в заповедник входит часть акватории Охотского моря и несколько островов. Административно Джугджурский заповедник находится в Аяно-Майском районе Хабаровского края.

Заповедник создан для охраны ненарушенных горно-таежных ландшафтов Приохотья с присущей им флорой и фауной, а также морских экосистем юга Охотского моря и морских млекопитающих, мест пролетных скоплений птиц.

859 956 га, из них 53 700 га - акватория Охотского моря.

3 ("Джугджурский" на хр. Джугджур с прилегающей акваторией, "Прибрежный" на хр. Прибрежный с прилегающей акваторией, "Мальминские острова" с прилегающей акваторией).

Охранная зона образована Решением Хабаровского крайисполкома № 258 от 24.08.1989 года и Приказом Государственного комитета РСФСР по экологии и природопользованию № 75 от 21.09.1990 года.
Согласно Постановлению Главы администрации Хабаровского края № 572 от 07.12.1992 г. "Об утверждении Положения об охранной зоне государственного заповедника "Джугджурский", площадь охранной зоны составляет 252 500 га, в том числе 7 000 га акватории.